Ο Ιερώνυμος, ο οποίος καιρό τώρα εμφανιζόταν από πολλούς ως «πρωταγωνιστής» του σκανδάλου, παρέμεινε και στο στάδιο της τακτικής ανάκρισης ένας απλός πλην ουσιαστικός μάρτυρας, ενώ οι ποινικές διώξεις που είχαν ασκηθεί προσωποποιήθηκαν σε βάρος άλλων προσώπων.

Ειδικότερα κατηγορούμενος στην υπόθεση, που αφορά τη διαχείριση κονδυλίου τεσσάρων δισεκατομμυρίων δραχμών από κρατικές επιχορηγήσεις, είναι ο πρώην διευθυντής των Οικονομικών Υπηρεσιών της Εκκλησίας της Ελλάδος, επίσκοπος Κερνίτσης, Λεόντιος, καθώς και τα μέλη της Επιτροπής Επιχορήγησης που είχε συσταθεί τότε.

Ακόμα, όμως και ο κ. Λεόντιος στον οποίο απαγγέλθηκαν σοβαρά αδικήματα μετά την απολογία του στον ανακριτή, αφέθηκε ελεύθερος χωρίς περιοριστικούς όρους, αφού σύμφωνα με πληροφορίες φέρεται να προσκόμισε στοιχεία που συνηγορούν υπέρ του ισχυρισμού του ότι δεν έχει καμιά σχέση με όσα τού αποδίδονται. Συγκεκριμένα, φέρεται να προσκόμισε στοιχεία σύμφωνα με τα οποία δεν είναι δυνατό να υπάρχει κατάχρηση από το ποσό ύψους 2, 7 δισ. δραχμών, αφού αποδεικνύεται από τραπεζικούς λογαριασμούς ότι τα 2, 4 δισ. είναι κατατεθειμένα σε λογαριασμούς της Εκκλησίας, ενώ τα υπόλοιπα χρήματα έχουν αξιοποιηθεί σε έργα.

Μετά την ολοκλήρωση των ανακρίσεων, αφού έχουν εξεταστεί οι πάντες, κατηγορούμενοι και μάρτυρες, η δικογραφία έκλεισε και αναμένεται να διαβιβαστεί αρμοδίως για την έκδοση βουλεύματος παραπεμπτικού ή μη από το αρμόδιο δικαστικό συμβούλιο.

Οσον αφορά τις καταγγελίες Ιερώνυμου, ανάμεσα σ' αυτά που υποστηρίζει είναι ότι «είχε στηθεί μηχανισμός για το διασυρμό του, ούτως ώστε να είναι ανίσχυρος -να διαβληθεί- ως αντίπαλος του αρχιεπίσκοπου Χριστόδουλου, στις περσινές αρχιεπισκοπικές εκλογές» και ακόμα σε υπεράσπιση των ισχυρισμών του ότι «υπάρχουν έγγραφα τα οποία έχει στην κατοχή του (υπήρχαν στους φακέλους της Aρχιεπισκοπής) και σκοπεύει να τα καταθέσει, και πρόκειται για χαρτιά που είχαν σκοπίμως αποκρύψει από την επιτροπή που διενεργούσε έλεγχο, ώστε να εμφανίζεται ο ίδιος ως υπόλογος και υπεύθυνος για την υπόθεση του κονδυλίου, οι εμπνευστές του σχεδίου που στήθηκε σε βάρος του». Εκτός από τον αρχιεπίσκοπο Χριστόδουλο, ο Ιερώνυμος κατηγορεί ότι στο στήσιμό του σε βάρος του μηχανισμού συμμετείχαν οι μητροπολίτες Καλαβρύτων Αμβρόσιος, Αλεξανδρουπόλεως Ανθιμος, Πειραιά Καλίνικος.