Εκτός της υπερβολικής ζέστης που πνίγει τις χώρες της υφηλίου, το φαινόμενο Ελ Νίνιο, κατά τους επιστήμονες, σχετίζεται και με τις βαριές βροχοπτώσεις που εκδηλώθηκαν στον πλανήτη, και είχαν αποτέλεσμα καταστροφικές πλημμύρες.Οι βροχές, σύμφωνα με τις έρευνες των επιστημόνων, μολύνουν το πόσιμο νερό προκαλώντας ασθένειες, όπως ηπατίτιδα Ε, και γαστρεντερικές νόσους από μικρόβια, βακτηρίδια και παράσιτα. Μέχρι στιγμής τα ευρήματα των επιστημόνων ανά τον κόσμο, πάνω στις προκαλούμενες από τον καιρό ασθένειες ή θανάτους, είναι: o Η Παγκόσμια Οργάνωση Υγείας ανακοίνωσε ότι η απότομη άνοδος στα κρούσματα ελονοσίας του πλανήτη συμπίπτει χρονικά με την εκδήλωση των παγκόσμιων ακραίων καιρικών περιστατικών, που προκάλεσε το φαινόμενο Ελ Νίνιο.

Αρα, σύμφωνα με την ανακοίνωση, η ζέστη και οι βροχοπτώσεις επηρεάζουν την προκαλούμενη από κουνούπια νόσο. o Δεκάδες χιλιάδες άνθρωποι στην Κένια και τη Σομαλία προσβλήθηκαν από «πυρετό της πεδιάδας Ριφτ», νόσου επίσης μεταδιδόμενης από τα κουνούπια, έπειτα από βροχές προξενούμενες από το φαινόμενο Ελ Νίνιο.Οι βροχοπτώσεις ήταν οι βαρύτερες που έχουν πλήξει την περιοχή, από το 1961. o Αύξηση των περιστατικών χολέρας, κατά τον τελευταίο χρόνο στη Λατινική Αμερική και την Αφρική. Η αύξηση συνδέεται με τις βροχές και τις πλημμύρες που προκάλεσε το φαινόμενο Ελ Νίνιο. o Στα νότια των Bραχωδών Ορέων της Αμερικής, ο θερμός και υγρός χειμώνας ευνόησε την επιβίωση είδους ποντικιών, - τα οποία έβρισκαν πιο εύκολα τροφή και καταφύγιο, με αποτέλεσμα να πολλαπλασιαστούν. Τα τελευταία μεταφέρουν θανατηφόρα νόσο στους ανθρώπους. Μέχρι στιγμής έχουν σημειωθεί τρεις θάνατοι.

o Εκατοντάδες χιλιάδες άτομα έπεσαν θύματα αναπνευστικής αδιαθεσίας.Το γεγονός αποδίδεται στην ξηρασία που προκλήθηκε απο το φαινόμενο Ελ Νίνιο στη Νότια Ασία, μετά τις φωτιές στα δάση της.